Kutzenhausen a été cité pour la première fois en 742 dans les écrits de l’abbaye de Wissembourg sous le nom de « Chuzzinhusi ». Jusqu’à la fin du XIIème siècle, le village a appartenu à cette abbaye. Puis Kutzenhausen devint possession des Ettendorf avant d’appartenir aux Fleckenstein. A cette époque, le village était le centre d’un bailliage qui comprenait les localités de Feldbach, Nieder et Oberkutzenhausen, Merkwiller, Hoelschloch, ainsi qu’une partie de Mattstall et de Lobsann. 

Durant la guerre de Trente Ans, le village a subi de fréquents passages de troupes et la population fut décimée. En 1650, le bailliage passa des Fleckenstein-Dagstuhl au comte palatin Charles-Gustave, futur roi de Suède, qui résidait à Cleebourg. En 1705, par vente, il devint la propriété des Hanau-Lichtenberg avant d’être cédé aux Hesse-Darmstadt en 1736. En 1789, à la Révolution, le bailliage fut élevé au rang de commune, comprenant Kutzenhausen, Oberkutzenhausen, Merkwiller et Hoelschloch. 

Vers la fin du XIXème siècle, l’exploitation du pétrole a pris un véritable essor. Cette nouvelle richesse incita Merkwiller à revendiquer le statut de commune indépendante. La séparation avec Kutzenhausen fut obtenue en 1888. Toutefois, la forêt (273 ha), le presbytère et l’église demeurèrent indivises. Une pompe à pétrole située entre Kutzenhausen et Oberkutzenhausen rappelle le passé lié à l’histoire du pétrole. Vers 1930, l’exploitation du pétrole a employé 3000 personnes. En 1970, cette activité ferma définitivement ses portes. 

Aujourd’hui, l’église protestante et le presbytère sont propriétés de la commune de Kutzenhausen. Seule la forêt est restée indivise.